Отдел организован как самостоятельное подразделение на базе отдела мониторинга плодородия почв, пройдя через ряд реорганизаций:
1954 г. - отдел мелиорации почв и лаборатории мелиоративного прогнозирования. 
1966 г. - лаборатория мелиорации орошаемых почв, 
1991 г. - лаборатория мелиорации и плодородия орошаемых почв, 
1995 г. - отдел моделирования почвенных процессов. 
2008 г. - сектор мелиорации почв в составе отдела Мониторинга плодородия почв.  
2013 г. - отдел мелиорации засоленных почв.
Отделом в 1966-1969 годы руководил известный в республике мелиоратор, кандидат с-х. наук Егоричев Г.А, с 1969 по 2004 г. академик НАН РК Аханов Ж.У., 2004-2008 гг. доктор с.-х. наук Кан В.М., с 2008-2019 г.г. отделом руководил кандидат биологических наук Отаров А. 
С 2019 года по настоящее время заведующим отделом мелиорации засоленных почв является PhD Пошанов М.Н.
Отдел состоит из 5 научных сотрудников: 1 PhD-доктор, 2 магистра и 2 докторанта. Молодые учёные отдела постоянно работают над повышением квалификации.
Пошанов М. ведущий специалист в области почвоведения, агрохимии и экологии. Направление работы: научное, методическое и практическое руководство исследованиями в рамках Проекта. Опыт работы в области составляет 11 лет, включая решение проблем засоления почв и внедрение инновационных технологий для их улучшения. Автор и соавтор 38-и научных работ, в т.ч. 15 в рекомендуемых изданиях КОКCНВО МНиВО РК, 1 рекомендаций производству, 7 статей с импакт-фактором (Web of Science & Scopus), h-index-4. В 2014 году на базе ИКАРДА (г. Ташкент) прошел стажировку по работе с симуляционной моделью SWAT, моделированию изменения климата программой. В 2017 году прошел тренинге по управлению засоленной почвой Национальный научный центр «Институт почвоведения и агрохимии имени А.Н.Соколовского» При поддержке ФАО и реализуется ННЦ ИПА. В 2019 году он прошел стажировку по цифровой обработке космических снимков программой ILWIS 3.2 в Почвенном институте им. В.В. Докучаева, г. Москва (Россия).
Дуйсеков С.Н. докторант, В 2014 году в рамках международного проекта ИКАРДА «Управление знаниями» в рамках 2-ой фазы ИСЦАУЗР участвовал на семинаре «Разработка карт схожести для продвижения выбранных пакетов УУЗР в Центральной Азии» где обучался навыкам работы в ГИС программе ArcGIS. В 2015 году прошел стажировку по цифровой обработке космических снимков программой ILWIS 3.2 в Почвенном институте им. В.В. Докучаева (г. Москва), а с программой ENVI в Институте экологии и географии (г. Урумчи). 
Мусаева К.К. поступила в докторантуру КазНАИУ в 2024 году.
Әсімжанов Н.С. закончил магистратуру в 2018 году в КазНАУ
Зарип Закир закончил магистратуру в 2024 году в КазНАИУ.
 
Основные направления научных исследований:

• теоретические и прикладные проблемы процесса почвообразования в условиях орошения и техногенного загрязнения почвенного покрова.
• мелиоративная и экологическая оценка и районирования территории.
• разработка научных основ технологии воспроизводства плодородия орошаемых почв и мелиорация засоленных и загрязненных почв.
• составление почвенно-экологических и почвенно-мелиоративных информационных систем (ГИС), 
• космическая технология мониторинга и оценки мелиоративного состояния почв орошаемых массивов республики: 
• разработка научных основ космического метода мониторинга мелиоративного состояния орошаемых почв
• разработка космического метода крупномасштабного цифрового картирования степени засоления почв
• разработка методов исследования многолетней динамики засоления почв с применением космического метода и цифрового картографирования

 
Услуги, предоставляемые отделом
- почвенно-мелиоративное, почвенно-экологическое и почвенно-агрохимическое обследование полей, рекомендации по эффективному их использованию.
 
Сотрудниками отдела выполнены научные исследования с последующими результатами:

• почвенно-мелиоративные и гидрогеологические изыскания и исследования их режима для обоснования орошения в долинах рек Или и Чу. По исследованиям разработаны проекты и построены инженерно-мелиоративные системы в долине реки Чу и дельте реки Или с площадью орошения 125 тыс. га;
• почвенно-мелиоративные и гидрогеологические изыскания и исследования их режима для обоснования орошения в междуречье Волга-Урал. Урало-Кушумская оросительная система на реке Урал была построена с учетом данных изысканий;
• исследования эффективности вертикального дренажа на Тас-Откельском массиве орошения. Построено 133 вертикальных скважин с общим дебитом 30 л/с, дренирующее мелиорирующее воздействие охватывало площадь 20 тыс. га на правом берегу и 10 тыс..га. на левом берегу реки Чу. Освоено 75 тыс. га орошаемых земель под культуру сахарной свеклы и налажено их товарное производство;
• разработка технологических основ повышения плодородия почв и продуктивности сельскохозяйственных культур при использовании под орошение минерализованных дренажных вод юга Казахстана. Освоены Карадалинский и Аксуетский массив орошения площадью 50 тыс. га;
• разработка почвенно-мелиоративных мероприятий по ирригационно-хозяйственному освоению низовьев реки Чу. Создана животноводческая база с пастбищами на площади 50 тыс. га;
• разработка научных основ биологического земледелия юга Казахстана. Впервые в Казахстане были проведены экспериментальные работы по разработке технологии биологического земледелия в Южно-Казахстанской и Алматинской областей на стационарах;
• разработка научных основ воспроизводства плодородия орошаемых земель предгорий и пустынь Казахстана. Разработаны принципы и технологические пути повышения плодородия почв;
• разработка научных основ воспроизводства плодородия серо-бурых малоразвитых почв в зоне табаководства. Впервые были проведены экспериментальные полевые исследования по разработке технологии воспроизводства плодородия маломощных серо-бурых почв под культурой табака;
• исследование деградации и фитосанитарного состояния периодически затопляемых рисовых почв Казахстана и разработка научных основ и практических мер повышения их плодородия.  Установлены основные факторы приводящие к деградации периодически затапливаемых рисовых почв Казахстана и роль фитосанитарного состояния в этом процессе; 
• разработка технологических основ воспроизводства плодородия рисовых почв. Определены физико-химические приоритеты и технологии воспроизводства плодородия рисовых почв;
• разработка функциональных моделей воспроизводства плодородия орошаемых почв юга Казахстана. Впервые разработана функциональная модель воспроизводства плодородия орошаемых почв по доминантным признакам (азотный цикл) на основе новых материалов и ресурсосберегающих технологии;
• разработка мероприятий по повышению и сохранению плодородия почв рисовых полей с целью улучшения экологического состояния. Проведена оценка современного мелиоративного состояния почв, созданы почвенные карты и базы данных, даны рекомендации по повышению плодородия почв и получения экологически чистой сельскохозяйственной продукции;
• разработка оперативного метода крупномасштабной солевой съемки почв на основе исследования закономерностей связи степени засоления почв и спектральных свойств космического снимка; 
• разработка научных основ мелиорации вторично засоленных «бросовых» земель.
• разработка научных основ оперативного метода проведения крупномасштабной солевой съемки и составление карты степени засоления орошаемых почв (на примера Акдалинского массива орошения);
• разработка структуры и создание почвенно-мелиоративной информационной системы (ГИС) орошаемого массива; 
• Разработка научно-теоретических и практических основ применения нового полифункционального супербиостимулятора для повышения эффективного плодородия вторично засоленных орошаемых почв, урожайности риса и качество продуктов его переработки;

 
Разработаны рекомендации:

• дифференцированные технологии мелиорации засоленных почв рисовых полей без предварительной промывки с получением оптимального урожая (Алматинская, Кызылординская и Южно-Казахстанская области);
• мероприятия по оздоровлению пашни от загрязнения тяжелыми металлами;
• приемы освоения, повышения плодородия почв, вышедших из сельскохозяйственного оборота, неиспользуемых и низко продуктивных. 

 
Проекты, реализованные в отделе:
Проекты, выполненные по системе конкурсных грантов Проекта Всемирного банка и Министерства сельского хозяйства РК «Повышение конкурентоспособности сельскохозяйственной продукции».
В 2008-2012 годы выполнены два проекта по Системе конкурсных грантов на грант Проекта Всемирного банка и Министерства сельского хозяйства РК «Повышение конкурентоспособности сельскохозяйственной продукции».
2008-2012 годы. «Оценка современного почвенно-экологического состояния рисовых агроценозов и разработка научных основ технологии получения экологически чистой продукции растениеводства». Научный руководитель, заведующий отделом Мониторинга плодородия почв, к.б.н. А. Отаров. Бенефициары проекта ТОО «Агрофирма Отес» и ТОО Байменей» Балхашского района Алматинской области.
2010-2012 годы. «Разработка научно-теоретических и практических основ применения нового полифункционального супербиостимулятора для повышения эффективного плодородия вторично засоленных орошаемых почв, урожайности риса и качество продуктов его переработки». Научный руководитель, заведующий отделом Мониторинга плодородия почв, к.б.н. А. Отаров. Бенефициар проекта ТОО «Био-Азия» Балхашского района Алматинской области.
Проекты, выполненные по бюджетной программе №019 «Услуги по распространению и внедрению инновационного опыта».
В 2013-2016 годы выполнены три проекта по программе 019 «Услуги по распространению и внедрению инновационного опыта» Южно-Казахстанской и Кызылординской областей.
2013 год. «Агромелиоративные приемы повышения солеустойчивости кукурузы на почвах Южно-Казахстанской области». Научный руководитель – ВНС отдела Мелиораций засоленных почв, к.б.н. А. Мамонов.
2014 год. «Оценка современного почвенно-мелиоративного состояния территории 1-го севооборота ТОО «Казахский НИИ рисоводства  им. И. Жахаева». Научный руководитель заведующий отделом Мелиорации засоленных почв, к.б.н. А. Отаров.
2016 год. «Внедрение в производство инновационной технологии повышения плодородия засоленных почв и обучение фермеров основам технологии». Научный руководитель заведующий отделом Мелиорации засоленных почв, к.б.н. А. Отаров.
Договорные работы (проекты, выполненные по договору с фермерскими хозяйствами и др.заказчиками)
2010-2011 годы. «Испытание действия комплексного органоминерального удобрения “Green Эко” на урожайность культуры риса в условиях Акдалинского массива орошения». Научный руководитель к.б.н. А. Отаров.
2011 год. «Современное состояние почвенного покрова Шиелийского государственного сортоиспытательного участка Кызылординской области и необходимые мероприятия по их улучшению». Научный руководитель к.б.н. А. Отаров.
Проведена работа по изучению степени обеспеченности почв Шиелийского государственного сортоиспытательного участка Кызылординской области основными элементами питания, разработана рекомендация по рациональному использованию минеральных удобрений. 
2012 год. «Современное состояние почвенного покрова ТОО «Тумар» и необходимые мероприятия по их улучшению». Научный руководитель к.б.н. А. Отаров.
2013 год. «Испытания действия препарата «Эдагум СМ» на урожайность сельскохозяйственных культур» в условиях Акдалинского массива орошения. Научный руководитель к.б.н. А. Отаров.
2014 г. «Проведение опытных испытаний сублимированной гранулированной смеси на основе торфа (НИСАБА) при выращивании риса». Научный руководитель к.б.н. А. Отаров.
2016-17 годы. «Оценка современного состояния почвенного покрова ТОО «РЗА-Агро». Научный руководитель к.б.н. А. Отаров. 
Международные проекты
2003-2006 годы. Международный проект: “Co-ordination of scientific activities towards elaboration of common strategy for environmental protection and sustainable management in Syr Darya River Basin, in Uzbekistan and Kazakhstan”. Научный руководитель Казахстанской части проекта, к.б.н. А. Отаров. 
2007-2008 годы. Международный рамочный проект: «Исследование устойчивого управления земельными ресурсами» на грант Международного центра по сельскохозяйственным исследованиям (ИКАРДА, Сирия), Научный руководитель Казахстанской части проекта, к.б.н. А. Отаров.
2010-11 годы. Международный проект «Оценка уязвимости агроэкосистем в Центральной Азии по отношению к негативным воздействиям климатических изменений – выращивание и урожайность яровой и озимой пшеницы». Грант Международного центра по сельскохозяйственным исследованиям (ИКАРДА, Сирия). Научный руководитель Казахстанской части проекта, к.б.н. А. Отаров.
По итогам данного проекта опубликована научная статья http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0167880913002168
2013-2015 годы. Международный проект «Разработка методов оценки качества почв, потенциала урожайности культур и сохранения водных ресурсов для устойчивого развития сельского хозяйства» на грант Федеральное агентство по сельскому хозяйству (BLE) и Федеральным министерством сельского хозяйства (BMELV) Германии. Совместно с Лейбниц центром исследования сельскохозяйственных ландшафтов (г. Мюнхеберг, Германия).
Проект был направлен для укрепления и расширения научных связей ученых Казахстана и ЕС. По результатам работы проекта опубликована научная статья (http://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-319-01017-5_41) в коллективной монографии Novel Measurement and Assessment Tools for Monitoring and Management of Land and Water Resources in Agricultural Landscapes of Central Asia.
2014-2016 годы. Международный проект: «Управление знаниями» в рамках 2-ой фазы ИСЦАУЗР на грант Международного центра по сельскохозяйственным исследованиям (ИКАРДА, Сирия), научный руководитель 3-компонента Казахстанской части проекта к.б.н. А. Отаров. 
2015 год. Международный малый проект: «Адаптация к изменению климата: Обеспечение продовольственной безопасности в Центральной Азии. Дистанционные средства для оценки и борьбы с засолением почв в бассейне Аральского моря». Гранта № 609528 – STI. Международная сеть сотрудничества для стран Восточного партнерства (IncoNet CA Twinning Grants) в рамках Проекта Евросоюза «Горизонт 2020». 
По итогам работы Проекта выпущен видеоклип https://www.youtube.com/watch?v=2e6avQVTrVw&feature=youtu.be 
2014-2016 годы. Международный проект «Разработка метода биологической мелиорации засоленных почв с помощью солодки голой (Glycyrrhiza glabra L.)». Совместно с Институтом экологии и географии АН КНР. Научный руководитель к.б.н. А. Отаров.
Проведена работа по разработке методов биологической мелиорации вторично засоленных вышедших из сельскохозяйственного оборота почв. Объект исследования - засоленные почвы Акдалинского массива.
2014-2017 годы. Международный проект «Разработка способа капельного орошения риса и его влияние на свойства почвы». Совместно с Институтом экологии и географии АН КНР. Научный руководитель к.б.н. А. Отаров.
Основной целью исследования была разработка метода капельного орошения риса и исследование его влияние на основные свойства почв. Объект исследования - засоленные почвы Акдалинского массива. 
2016-2018 годы. Международный проект «Разработка способа получения медленно действующего удобрения из алюмосиликатов». Головной институт - Институт Общей и Неорганической Химии НАН РА (Армения).
 
- 2015-2017 гг. МСХ РК ГФ «Мониторинг содержания тяжелых металлов и органических загрязнителей в орошаемых почвах с применением ГИС и разработка способов увеличения защитных свойств почв по отношению к загрязнителям», (№0115РК02027). 
- 2015-2017 гг. МСХ РК ГФ «Разработка технологии локального мониторинга засоления орошаемых почв и ее апробация на примере Арыс-Туркестанского массива орошения ЮКО» (№0115РК02034).
- 2018-2020 гг. 267 БП МСХ РК ПЦФ «Проблемы орошаемых засоленных почв Туркестанской области и их решение на основе применения инновационной технологии повышения плодородия почв и урожайности сельскохозяйственных культур» мероприятие: «Применить технологию повышения плодородия засоленных почв и урожайности сельскохозяйственных культур (кукурузы на зерно) и обучить фермеров основам технологии» (№0118РК01386).
- 2021-2023 гг. 267 БП МСХ РК ПЦФ «Научно-технологическое обеспечение сохранения и воспроизводства плодородия земель сельскохозяйственного назначения» (№0121РК00718).
- 2022-2024 гг. –по гранту МНиВО РК «Управление продукционным процессом сельскохозяйственных культур и оценка эмиссии азота почвами агрофитоценозов в условиях юго-востока Казахстана» (№0122РК00310).
- 2024-2026 гг. 267 БП МСХ РК ПЦФ «Обеспечение рационального использования земель сельскохозяйственного назначения в интенсивном земледелии на основе новых подходов в сохранении и воспроизводстве плодородия почв» мероприятие: «Изучить почвенный покров и его особенности осваиваемых земель, прилегающих к Коксарайскому водохранилищу с использованием ГИС-технологий и методов ДЗЗ, и дать предложения по их использованию под орошаемое земледелие» (BR22885097);
Выпущены рекомендации по повышению плодородия почв и урожайности культур.
По результатам многолетних исследований сотрудниками отдела опубликовано  более 200 научных работ.
 
Работы, выполненные в 2025 году по научно-техническому проекту (НТП) МСХ РК на 2024-2026 годы.
По проекту МСХ РК на 2024-2026 годы «Обеспечение рационального использования земель сельскохозяйственного назначения в интенсивном земледелии на основе новых подходов к сохранению и восстановлению плодородия почв», в рамках Задачи №2, я провёл полевые научные исследования по изучению почвенного покрова и его особенностей на осваиваемых землях, прилегающих к Коксарайскому водохранилищу, с использованием ГИС-технологий и методов дистанционного зондирования (ДЗЗ), а также по разработке предложений по их использованию под орошаемое земледелие. Цель проекта – обеспечение рационального использования земель сельскохозяйственного назначения в системах интенсивного земледелия, способствующих воспроизводству плодородия почвы и устойчивому повышению продуктивности сельскохозяйственных культур.
Данное исследование направлено на изучение почвенного покрова и его особенностей на осваиваемых землях, расположенных вблизи Коксарайского водохранилища, с применением ГИС-технологий и методов дистанционного зондирования. Это позволит разработать рекомендации по их рациональному использованию в орошаемом земледелии, а также обеспечить эффективное применение сельскохозяйственных земель в системах интенсивного земледелия, способствующих восстановлению плодородия почв и устойчивому повышению урожайности сельскохозяйственных культур.
Объект исследования – южная часть Шаульдерского орошаемого массива в Отырарском районе Туркестанской области, а также территория площадью 7500 га, расположенная в 9 км к северо-западу от Коксарайского водохранилища. Эта территория простирается до реки Сырдарья и граничит со старой речной террасой и Арыс-Туркестанским орошаемым массивом.
Для проведения рекогносцировочных исследований на территории объекта площадью 7500 га была подготовлена карта-основа и выбраны участки. В ходе реализации проекта система ГИС постоянно обновляется, обеспечивая полную информацию о состоянии исследуемой территории.
На объекте исследования была проведена солевая и агрохимическая съёмка с отбором проб почвы. 453 образца были отобраны с различных глубин (0-20 см, 20-50 см и 50-100 см) и отправлены в лабораторию Института. Агрохимические анализы определяют содержание азота, фосфора, калия, а солевой анализ оценивает степень засоления почвы (общее содержание солей, натрия, магния, кальция, хлоридов и сульфатов). Физико-химические свойства (механический состав, кислотность pH) также определяются. Эти данные дают полную картину состояния почвы.
Кроме того, на исследуемой территории были установлены наблюдательные скважины, которые позволяют постоянно контролировать уровень и минерализацию грунтовых вод. Эти исследования будут важны для оптимизации сельскохозяйственного производства в регионе.

Рисунок – Установка контрольных труб для определения уровня и минерализации грунтовых вод, копка разреза для проведения морфологической характеристики почвы, проведение агрохимической и мелиоративной солевой съёмки.