Институт является соучредителем международного общества почвоведов стран – Казахстан, Россия, Турция и Азербайджан, членом «Агрохимэкосодружество» стран СНГ, членом глобального почвенного партнерства ФАО и Евразийского почвенного партнерства.
Институт вошел в состав Глобальной сети почвенных лабораторий GLOSOLAN, в которую на данный момент входят уже более 800 лабораторий в более чем 150 странах. Цель партнерства — повышение потенциала лабораторий и адаптация современных методов исследования почв
В институте интенсивно развиваются международные отношения со странами ближнего и дальнего зарубежья, ниже приведен список заключенных договоров о международном сотрудничестве:
- РГАУ-МСХА им.К.А.Тимирязева, Российская Федерация;
- Институт почвоведения и агрохимии НПЦ НАН Беларуси по земледелию, Республики Беларусь;
- Институт почвоведения им.Лейбница Ганновер Университет, Германия;
- KTG GLOBAL CO.LTD, Корея;
- ГУП «Аналитический центр качества, состава и репозиторий почв, Узбекистан;
- Институтом почвоведения и агрохимии НАН Азербайджана;
- Украинским институтом экспертиза растений, Украина
- Харьковским национальным аграрным университетом им. В.В. Докучаева;
- Федеральное государственное бюджетное учреждение науки «Федеральный научный центр биоразнообразия наземной биоты Восточной Азии» Дальневосточного Отделения Российской академии наук (ФНЦ Биоразнообразия ДВО РАН)
- Федеральное Государственное Бюджетное Образовательное учреждение высшего образования «Рязанский государственный агротехнологический университет имени П.А.Костычева» (ФГБОУ ВО РГАТУ), Россия;
- Федеральное Государственное Бюджетное Образовательное учреждение высшего образования «Горский государственный аграрный университет» (ФГБОУ ВО Горский ГАУ), Россия;
- Федеральное Государственное Бюджетное Образовательное учреждение высшего образования «Великолукская Государственная сельскохозяйственная Академия», Россия;
- Санкт-Петербургский Государственный аграрный университет, Россия;
- Институт физико-химических и биологических проблем почвоведения Российской академии наук — обособленное подразделение Федерального государственного бюджетного учреждения науки «Федеральный исследовательский центр «Пущинский научный центр биологических исследований Российской академии наук» (ИФХиБПП РАН);
- Высшая школа менеджмента, г. Барселона, Испания;
- Федеральное Государственное Бюджетное учреждение науки Институт почвоведения и агрохимии Сибирского отделения Российской академии наук;
- ФГБОУ ВО «Ижевская государственная сельскохозяйственная академия» (ФГБОУ ВО Ижевская ГСХА), Россия;
- «Белорусский Государственный аграрный технический университет», Минск;
Федеральное Государственное Бюджетное научное учреждение «Научно-исследовательский институт сельского хозяйства Центрально чернозёмной полосы имени В.В. Докучаева» (ФГБНУ НИИСХ ЦЧП), Воронеж;
- ФГБОУ ВО Иркутский Государственный Аграрный университет им. А.А. Ежевского, Россия;
- ФГБОУ ВО «Ставропольский государственный аграрный университет», Россия.